Los primeros meses del proyecto Metabarpark se han dedicado a poner a punto los métodos y protocolos. Para los ensayos se han utilizado muestras obtenidas en las costas catalanas y baleares.
Hemos colaborado con el grupo del Dr. Pierre Taberlet en el Laboratorio de Ecología Alpina (LECA) de Grenoble para aplicar métodos desarrollados para suelos terrestres a muestras de comunidades marinas.
Hemos amplificado un fragmento del gen 18S rDNA usando cebadores universales desarrollados en el LECA. La secuenciación se ha realizado usando un sistema Illumina MiSeq. Hemos obtenido más de 3 millones de lecturas (secuencias) de 80 muestras. Las secuencias se han procesado usando el paquete OBITools, y se han identificado unas 1000 Unidades Taxonómicas Operativas Moleculares (UTOM, nuestra aproximación a especies). Los análisis de los datos han mostrado que con este método se obtienen inventarios muy exhaustivos de las comunidades, y que diferencias en la composición (presencia-ausencia) y abundancia (numero de lecturas) pueden ser detectadas estadísticamente entre comunidades y localidades.
En un segundo ensayo hemos probado un sistema de extracción de ADN diferente (con un paso de lisis celular) y hemos combinado la amplificación de ADN con la de ARN retrotranscrito. También hemos probado un juego de cebadores mejorado. En esta ocasión hemos obtenido 5 millones de secuencias de unos 2700 UTOM (especies).
Estos ensayos preliminares nos han permitido elegir los kits de reactivos y los protocolos más adecuados para el estudio de las muestras de los Parques. Estamos en la actualidad trabajando en un juego de cebadores para el gen mitocondrial COI, a fin de poder comparar los resultados con los del gen nuclear 18S. Sin embargo, estamos teniendo problemas para diseñar cebadores universales para secuencias de longitud adecuada para los secuenciadores Illumina. ¡Vamos a ver si lo conseguimos!
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