Bienvenido al sitio web del Proyecto METABARPARK. El proyecto trata de aplicar las nuevas tecnologías de secuenciación masiva para caracterizar las comunidades bentónicas presentes en los Parques Nacionales Españoles, utilizando ADN ambiental (metabarcoding). Nuestro principal objetivo es caracterizar la biodiversidad oculta que normalmente pasa desapercibida mediante los métodos convencionales. Así mismo, intentaremos estudiar los impactos de las algas invasoras sobre las comunidades bentónicas.

martes, 11 de julio de 2017

Metabarpark en el festival Pint of Science en Blanes

El festival Pint of Science tiene como objetivo presentar resultados de los últimos avances científicos al público general usando un lenguaje accesible y utilizando bares y pubs como lugar de presentación de las charlas, idealmente con una pinta de cerveza en la mano. Se trata de un festival internacional que se celebra anualmente durante tres días al mismo tiempo en cientos de ciudades de todo el mundo. Blanes, la ciudad donde radica el CEAB, ha participado por primera vez en la edición de este año del festival Pint of Science. Los científicos del CEAB han dado nueve charlas durante las tres tardes que ha durado (15 a 17 de mayo de 2017).

Xavier Turon ha participado abriendo el festival el primer día, con una charla en el acogedor bar Casal la Cooperativa, con el tema Biodiversidad 2.0: genética y ordenadores para estudiar los seres vivos. En su charla presentó al público las evidencias de que nos encontramos ante la sexta extinción masiva de la historia, esta vez producida por los impactos de los humanos, y como la ciencia de la computación y la genética pueden ayudar a mitigar dichos impactos. En particular, puso énfasis en la necesidad de generar inventarios completos de biodiversidad como un primer paso para su conservación. Los ejemplos presentados se basaban principalmente en los resultados obtenidos en Metabarpark.

Fue una experiencia muy agradable y a la vez un desafío el explicar en términos sencillos algunos de los análisis complejos que hacemos en nuestra investigación. El público estaba muy interesado y hubo un interesante intercambio de preguntas después de la charla.


El cartel anunciador del festival

lunes, 13 de marzo de 2017

Metabarpark en el simposio "Developing new genetic tools for bioassessment of aquatic ecosystems in Europe"

Metabarpark estuvo presente en el simposio sobre metabarcoding que se desarrolló en Essen (Alemania) del 7 al 9 de marzo de 2017. Este simposio era la conferencia inaugural de la acción COST de la Unión Europea DNAqua-Net (http://dnaqua.net/).

Este proyecto busca integrar un amplio grupo de investigadores de diversas disciplinas con el objetivo de identificar nuevas herramientas genómicas, índices eco-genómicos y métricas que permitan la aplicación rutinaria de la genética en la caracterización de la biodiversidad y la monitorización de las comunidades acuáticas en Europa. El proyecto incluye también un fuerte componente formativo y de diseminación. Estos objetivos son plenamente compatibles con los de Metabarpark, y era muy conveniente que estuviésemos dentro y contribuyendo en este proyecto.

Xavier Turon es uno de los miembros españoles de DNAqua-Net y asistió a esta conferencia. En ella se reunieron unos 200 especialistas para presentar resultados, discutir los problemas más candentes, y buscar la manera más eficiente para que los métodos genéticos de estudio de la biodiversidad sean aceptados como el nuevo estándar por los órganos de gestión en el contexto europeo.

Xavier presentó la comunicación "Under the canopy: community-wide effects of invasive algae in marine protected areas revealed by metabarcoding", por Xavier Turon, Owen Wangensteen, Emma Cebrian and Creu Palacín. En esta contribución se expusieron los resultados del estudio del efecto de tres algas invasoras (Caulerpa cylindracea y Lophocladia lallemandii en Cabrera, y Asparagopsis armata en las Islas Cíes) sobre las comunidades bentónicas. También hemos redactado y enviado a publicar un manuscrito con estos resultados. Esta contribución es también el primer resultado de la colaboración entre los proyectos de Parques Nacionales Metabarpark y Corclim.

El logo de DNAqua-Net







Representación ("heatmap") de las muestras de comunidades con y sin Asparagopsis armata en las Cíes Islands, separadas por estado de invasión (verde: no invadidas, rojo: invadidas) y fracción (azul: macrobenthos; turquesa: meiobenthos)








viernes, 18 de noviembre de 2016

Metabarpark en las Jornadas de Investigación en la Red de Parques Nacionales 2016

Los días 18-20 de octubre de 2016 se celebraron en Tablas de Daimiel (Ciudad Real) las Jornadas de Investigación en la Red de Parques Nacionales 2016. En dicho evento se reunieron miembros de los servicios centrales del OAPN, personal de los diversos Parques Nacionales, miembros del Comité Científico de Parques Nacionales, e investigadores que están llevando a cabo proyectos dentro de la Red de Parques. Durante estas Jornadas se presentaron los resultados de 13 proyectos de la convocatoria de 2013, así como diversas charlas técnicas referentes a programas en marcha en los Parques.


Xavier Turon realizó una presentación del proyecto Metabarpark, mostrando los resultados obtenidos a lo largo del mismo y el potencial de la información genética para labores de monitorización a medio y largo plazo.


Estas Jornadas han sido una ocasión magnífica para compartir experiencias y debatir con colegas científicos y con gestores de los Parques. Entre los asistentes estaba la Dirección del Parque de las Islas Atlánticas (Pepín, Mercedes, Vicente), entre otros muchos conocidos. Fue un placer interactuar con todos ellos. También hay que destacar la buena gastronomía y la espléndida visita al Parque de Tablas de Daimiel que pudimos realizar.




La foto de familia de los asistentes a la Jornadas

domingo, 25 de septiembre de 2016

METABARPARK en el XIX Simposio Ibérico de Estudios de Biología Marina

Del 5 al 9 de septiembre tuvo lugar el XIX Simposio Ibérico de Estudios de Biología Marina en Oporto (Portugal). Fue organizado por el CIIMAR - "Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research" -, y reunió a unos 180 investigadores de España, Portugal, y algunos países latinoamericanos.

La página web del Simposio está disponible en http://siebmxixciimar.wixsite.com/business-conferenc-1

Los simposios ibéricos se han celebrado desde 1978, y son una excelente oportunidad para los científicos del ámbito ibérico para encontrarse, intercambiar ideas, y presentar los proyectos en marcha y sus resultados.

Tres miembros de Metabarpark (Owen Wangensteen, Creu Palacín, and Xavier Turon) asistieron al simposio. En él presentaron la comunicación oral "Wangensteen, Guardiola, Palacín, Turon: Molecular biodiversity assessment of marine hard-bottom communities from Spanish National Parks by metabarcoding of COI and 18S" en la que se explicaron los principales resultados del proyecto Metabarpark. La comunicación generó un más que notable interés entre la audiencia, como mostraron las preguntas que se hicieron después de la presentación y las muchas interacciones que siguieron durante el simposio.

Xavier Turon también presentó una conferencia plenaria, titulada "Twenty-five years of genetic studies of the Iberian benthos: retrospect and prospect". Huelga decir que el metabarcoding fue una de las técnicas destacadas durante esa charla.

El bonito logo del XIX SIEBM
Nos lo pasamos muy bien durante la conferencia, e hicimos interesantes contactos de cara a futuros estudios de metabarcoding. ¡Ya esperamos el siguiente Simposio Ibérico en Faro en 2018!


domingo, 10 de abril de 2016

Diferencias significativas entre comunidades con y sin algas invasoras reveladas con metabarcoding


Mientras los datos correspondientes a las campañas del 205 están siendo analizados, queremos compartir los primeros resultados relativos a las comunidades muestreadas con y sin algas invasoras. En las Islas Cíes, comparamos la comunidad fotófila con Cystoseira nodicaulis (como ejemplo de comunidad natural), con muestras equivalentes con el alga introducida Asparagopsis armata. En Cabrera, en la misma pared, pudimos muestrear comunidades fotófilas naturales y la misma comunidad con Lophocladia lallemandii. A más profundidas, obtuvimos muestras de la comunidad esciáfila natural y de manchas dominadas por Caulerpa cylindracea.

Mediante el gen 18S hemos identificado un total de 2937 MOTUs en estas comunidades. Nuestros análisis estadísticos muestran claras diferencias, tanto cualitativas como cuantitativas, entre comunidades equivalentes con y sin algas invasoras. Esto era previsible para las fracciones de talla mayores, pero incluso la fracción más pequeña (organismos entre 1 mm y 65 micras) mostró diferencias significativas. Este rico componente de la biodiversidad no puede ser analizado eficientemente con los métodos convencionales, y con el uso de técnicas genéticas hemos podido cuantificarlo y analizarlo.

El metabarcoding, por tanto, ha revelado cambios en las comunidades afectando incluso a los diminutos meio-organismos (animales, plantas y protistas), y a escalas espaciales muy reducidas (decenas de metros). La presencia de algas invasoras por tanto tiene profundos efectos en la estructura de las comunidades a todas las escalas. Este es uno de los resultados interesantes que estamos encontrando con nuestros datos. Más noticias pronto!
Esta representación gráfica en dos dimensiones (análisis de escalado multidimensional) permite la visualización de las diferencias entre las comunidades con y sin algas invasoras



Los métodos puestos a punto en METABARPARK explicados en un capítulo de libro internacional

Owen Wangensteen y Xavier Turon han sido invitados a escribir un capítulo para el libro "Marine Animal Forests. The Ecology of Benthic Biodiversity Hotspots", de la prestigiosa editorial Springer International Publishing (ISBN: 978-3-319-17001-5), y en el que actúan como editores Sergio Rossi, Lorenzo Bramanti, Andrea Gori y Covadonga Orejas.

En este capítulo, titulado "Metabarcoding techniques for assessing biodiversity of marine animal forests", Owen y Xavier explican los métodos que se han puesto a punto en METABARPARK para trabajar con comunidades de fondos duros usando metabarcoding. Pensamos que es fundamental contribuir a la generación de protocolos estandarizados, y que este libro puede ser una excelente plataforma para comunicar a otros investigadores la experiencia adquirida en los diversos pasos del proceso.

Este capítulo está en proceso editorial en estos momentos, y se espera que sea publicado en los próximos meses.


Las técnicas desarrolladas en METABARPARK, como la separación de las comunidades en fracciones de talla, pueden ser aplicables por otros grupos que desarrollen estudios de metabarcoding en el bentos marino

METABARPARK en el taller “Application of genomic tools for benthic monitoring”


El 4 y 5 de abril, en el Museo de Historia Natural de Ginebra (Suiza), tuvo lugar el taller “application of genomic tools for benthic monitoring of marine environment: from technology to legal and socio-economic aspects”, organizado por el Prof. Jan Pawlowski de la Universidad de Ginebra (http://goo.gl/forms/V9bLHtyJBk).

El forum tenía como objetivo el intercambio de ideas sobre el potencial de las técnicas de eDNA (ADN ambiental) para determinar la biodiversidad y el impacto de las actividades humanas en ella. En el mismo participaron profesionales ambientalistas, miembros de organizaciones internacionales reguladoras, y científicos.

Las presentaciones y las discusiones fueron muy estimulantes, y la idea general es que los indicadores derivados del ADN pueden ser utilizados de forma efectiva en el campo de  la monitorización ambiental (como ya lo son en otras disciplinas). Sin embargo, es necesario un mayor desarrollo y estandarización antes de que se puedan usar rutinariamente de forma conjunta con técnicas basadas en morfología. Se planteó también que puedan sustituir a estas últimas, que son muy lentas, requieren mucho tiempo y dependen de la disponibilidad de taxónomos especialistas, que está disminuyendo en todo el mundo.

Xavier Turon y Owen Wangensteen contribuyeron al taller con la presentación “Issues in metabarcoding of marine bentos”, en la que discutieron sobre diversos aspectos controvertidos, como el uso de ADN o de ARN, la elección entre el gen 18S rDNA o el gen COI, o el uso de umbrales fijos o flexibles para agrupar las secuencias en Unidades Operativas (MOTUs). En la presentación se usaron los resultados del proyecto METABARPARK.



Xavier Turon y Tom Wilding, del Scottish Association for Marine Science, a la entrada del Museo de Historia Animal, con una encantadora mascota!